O Conselho Pedagógico é o órgão responsável pela orientação da política pedagógica da FMV e, no respeito pelas opções estratégicas do Conselho de Escola e pelas competências do Presidente da FMV e do Conselho Científico, promove e avalia as orientações, métodos, actos e resultados das actividades de ensino, contribuindo para a sua adequada coordenação no sentido de ser garantido o seu sucesso, o bom funcionamento dos cursos, a qualidade e relevância das formações e as suas saídas profissionais.

O Conselho Pedagógico é composto por:

a)      Quatro docentes doutorados e em tempo integral;

b)      Quatro estudantes.

O actual Presidente do Conselho Pedagógico é o Prof. Doutor Virgílio da Silva Almeida e os Vices-Presidentes a Profª. Doutora Marília Catarina Fazeres Leal Ferreira e o aluno Francisco Manuel Aparício da Conceição.