O Conselho Científico é o órgão responsável pela orientação da política científica da FMV, da qualificação do seu pessoal docente e da qualidade e relevância da formação dos seus estudantes, no respeito pelas opções estratégicas do Conselho de Escola e pelas competências do Presidente da FMV e do Conselho Pedagógico.

O Conselho Científico é composto por quinze membros, sendo:

a) Doze docentes doutorados e em tempo integral;

b) Três representantes das unidades de investigação com mais de vinte investigadores, eleitos pelas Comissões Científicas, de entre os docentes e investigadores doutorados nelas integrados.

O Presidente actual do Conselho Científico é o Prof. Doutor Rui Manuel Vasconcelos Horta Caldeira e o Vice-Presidente o Prof. Doutor José Paulo Sales Luis